Oslofjorden står overfor alvorlige miljøødeleggelser, primært forårsaket av nitrogenforurensing fra jordbruk og avløp fra over 100 kommuner i Østlandet. Dette har ført til en betydelig nedbrytning av økosystemet, inkludert overvekst av trådalger, tap av tareskog og kraftig reduksjon i fiskebestander som torsk og reker. Til tross for enkelte jordbrukstiltak haster det med omfattende nitrogenrensing, som krever nye og svært kostbare renseanlegg i kommunene.
En sentral konflikt er hvem som skal dekke disse utgiftene, da prinsippet om at forurenser skal betale utfordres av selvkostprinsippet for kommunale vann- og avløpstjenester. Det diskuteres om rensingen er et nasjonalt problem som bør finansieres over statsbudsjettet.
Fra 2026 innføres fiskeforbud i store deler av fjorden, noe som fratår mange yrkesfiskere livsgrunnlaget og skaper krav om kompensasjon. Til tross for økt politisk oppmerksomhet, vil det ta opptil ti år før fjordens økosystem bedrer seg.