Etter en episode av «Mesternes mester» har NRK mottatt en rekke klager fra seere som mener konkurransene er urettferdige og kjønnsdiskriminerende. Spesielt øvelsen «broen», hvor deltakerne løper med puslespillbrikker, har fått kritikk fordi de mannlige deltakerne tar igjen konkurrentene med en hel runde.

Programleder Aksel Lund Svindal antydet også at mennene kunne ha et forsprang i løpingen.

NRK har bekreftet å ha mottatt 58 klager etter sending, og produsenten sier de vil ta klagene med i evalueringen av programmet.