Janteloppet har møtt kritikk etter å ha redusert premiepotten for kvinner i det 40 kilometer lange rennet, noe som førte til protester fra blant andre Astrid Øyre Slind. TV 2-ekspert Petter Skinstad kalte avgjørelsen for kjønnsdiskriminering.

Reda El Chaar, Janteloppets medeier, avviser kritikken og mener endringen skyldes for få påmeldte kvinner. Han anklager Skinstad for å bruke saken til å fremme seg selv.

Flere utøvere, inkludert Ebba Andersson, har uttrykt misnøye med situasjonen, selv om El Chaar mener Janteloppet viser engasjement for kvinners deltakelse i sporten.